Dash Bio④（生体分子構造）

生体分子構造を可視化

Molecule3dViewerコンポーネントを使うと生体分子構造を３次元に可視化することができます。

Dash Enterprise - dash_bio.Molecule3dViewer Examples and Reference

上記のDash Enterpriseにあるサンプルを参考にして、生体分子構造を３次元に可視化してみます。

[ソースコード]

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import dash
import dash_bio as dashbio
from dash import html
from dash_bio.utils import PdbParser, create_mol3d_style
from dash.dependencies import Input, Output

app = dash.Dash(__name__)

parser = PdbParser('https://git.io/4K8X.pdb')

data = parser.mol3d_data()
styles = create_mol3d_style(
    data['atoms'], visualization_type='cartoon', color_element='residue'
)

app.layout = html.Div([
    dashbio.Molecule3dViewer(
        id='dashbio-default-molecule3d',
        modelData=data,
        styles=styles
    )
])

if __name__ == '__main__':
    app.run_server(debug=True)

[ブラウザで表示]

生体分子構造を３次元に可視化することができ、ドラッグするといろいろな角度で表示することができました。

また Ctrl＋スクロール上下 で拡大・縮小表示することもできます。