Dash Bio⑤（核酸／アミノ酸配列を可視化）

核酸／アミノ酸配列を可視化

AlignmentChartコンポーネントを使うと、FASTA形式やClustal形式のデータから核酸またはアミノ酸の配列を可視化することができます。

Dash Enterprise - dash_bio.AlignmentChart Examples and Reference

上記のDash Enterpriseにあるサンプルを参考にして、細胞性腫瘍(cellular tumor)を可視化してみます。

[ソースコード]

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import dash
import dash_bio as dashbio
from dash import html
import urllib.request as urlreq
from dash.dependencies import Input, Output

app = dash.Dash(__name__)

data = urlreq.urlopen(
    'https://git.io/alignment_viewer_p53.fasta'
).read().decode('utf-8')

app.layout = html.Div([
    dashbio.AlignmentChart(
        data=data
    )
])

if __name__ == '__main__':
    app.run_server(debug=True)

[ブラウザで表示]

細胞性腫瘍(cellular tumor)を可視化することができました。

グラフをドラッグすると位置を変えて表示したり、表示範囲を変更して表示したりすることができます。