Dash Bio⑯（パイルアップ）

パイルアップ

Pileupコンポーネントを使うと、パイルアップを表示することができます。

Dash Enterprise - https://dash.plotly.com/dash-bio/pileup

上記のDash Enterpriseにあるサンプルを参考にして、パイルアップを表示します。

[ソースコード]

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import dash
import dash_bio as dashbio

app = dash.Dash(__name__)

HOSTED_GENOME_TRACKS = {
    'hg19': {
        'range': {
            'contig': 'chr17',
            'start': 7512284,
            'stop': 7512644
        },
        'reference': {
            'label': 'hg19',
            'url': 'https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit'
        },
        'tracks': [{
            'viz': 'scale',
            'label': 'Scale'
        },
            {
                'viz': 'location',
                'label': 'Location'
            },
            {
                'viz': 'genes',
                'label': 'genes',
                'source': 'bigBed',
                'sourceOptions': {'url': 'https://www.biodalliance.org/datasets/ensGene.bb'}
            }]
    }
}

app.layout = dashbio.Pileup(
                range=HOSTED_GENOME_TRACKS['hg19']['range'],
                reference=HOSTED_GENOME_TRACKS['hg19']['reference'],
                tracks=HOSTED_GENOME_TRACKS['hg19']['tracks']
            )

if __name__ == '__main__':
    app.run_server(debug=True)

[ブラウザで表示]

パイルアップを表示することができました。

スライドバーを使って拡大・縮小したり、ドラッグして表示位置を変えたりすることができます。